Основатем монастыря был преподобный Авраамий. Из жизнеописания преподобного известно, что когда он поселился близ Ростова, на чудском конце города находился бездушный истукан Велеса, почитавшимся местными язычниками за покровителя торговли и богатства, и преподобный Авраамий просил Бога дать силу и благодать Святого Духа разорить злокозненного идола. Получил откровение, что для его свержения требуется идти в Царьград, в дом Иоанна Богослова, преподобный Авраамий отправился в путь, который был чудесно сокращен, поскольку сам апостол явился Авраамию на берегу реки Ишни. Св. Иоанн вручил ему трость и велел без боязни вооружиться на идола Велеса. Вернувшись, преподобный Авраамий одним ударом камышовой трости сокрушил истукана, «и абие идол Белее в прах бысть». На месте разрушенного идола преподобный построил храм во имя Святого Богоявления Господня и «келий устроил и монахи собрав, бысть им наставник и сотвори обитель свою общею».

Пожив богоугодно и «быв образ всем в добродетелех», Авраамий преставился 29 октября / 11 ноября 1010 года. Святые мощи преподобного были обретены и прославлены чудесами в 1210 году, при великом князе Всеволоде III (1176-1212).

Обитель прославилась и другими подвижниками из сонма святых Русской Церкви. В годину монголо-татарского ига из ее стен вышел на святительское служение епископ Игнатий, Ростовский чудотворец. Из жития преподобного Иринарха Ростовского известно, что он провел несколько лет в Авраамиевом монастыре в конце XVI века. В те же годы в обители подвизался преподобный Пимен Затворник Жития его не сохранилось.

Слово «старец» относилось в то время к особо почтенным монахам, много лет прожившим в монастыре. Подвигом преподобного стал затвор и ношение вериг. Преподобный Пимен, Затворник Ростовский почитается в лике собора Ростово-Ярославских святых.

Обитель посещали Великий князь Сергей Александрович и Великая княгиня Елизавета Федоровна, святой праведный Иоанн Кронштадтский и святитель Тихон, будущий Патриарх Всероссийский. В Авраамиево-Богоявленском монастыре три храма. Первый и главный храм монастыря в честь Богоявления был построен еще преп. Авраамием. Первоначально он был деревянным. Каменным же стал со времен царя Ивана Грозного, который в 1553 году, отправляясь на покорение Казани, взял с собой трость Иоанна Богослова, хранившуюся при святых мощах чудотворца Авраамия, «да тако и бысть взята Казань».

После победы архимандрит Иоаким повелением царя Иоанна Васильевича заложил в монастыре на месте деревянного Богоявленского храма «церковь каменну с четырьма приделама». В посвящении приделов Богоявленского собора отразилась история чудотворной трости. Один из пределов посвящен преподобному Авраамию Ростовскому, другой — апостолу Иоанну Богослову, чей жезл забрал с собой царь, а третий покровителю самого царя — св. пророку Иоанну Предтече. Монастырский собор Богоявления Господня вобрал в себя все лучшее в русском зодчестве. Главный объем храма имеет форму куба и завершается традиционным для Руси пятиглавием.

Придел преподобного Авраамия украшен стройным шатром, характерным для XVI века. Придел Усекновения главы св. Иоанна Предтечи увенчан горкой кокошников московского зодчества. А над приделом св. Иоанна Богослова в XIX веке ростовские каменщики, подражая древним мастерам, пристроили звонничную башню.